غير أن ممارسة الحرية الأكاديمية لا ينبغي أن يفهم بأنها ممارسة مطلقة لا تحتاج إلى ضوابط لمنع سوء تفسيرها وإساءة استخدامها في المجتمعات الأكاديمية، فاعلان ليما عام(1988) قد أشار في (الفقرة:3، ص3)على أن ممارسة الحقوق المنصوص عليها في الإعلان يجب أن تقترن بواجبات ومسؤوليات خاصة، ويجوز أن تكون خاضعة لقيود معينة ضرورية لحماية حقوق الآخرين، وان تجري ممارسة التدريس والبحوث في توافق تام كامل مع المعايير المهنية وتستجيب للمشكلات التي تواجه المجتمع.

كما أكد ذلك المؤتمر العالمي لليونسكو المنعقد في باريس عام(1998) وكذلك إعلان عمان للحريات الأكاديمية في عام (2004)في (الفقرة: 8) حيث أشير إلى أن المجتمع الأكاديمي يترتب عليه التزامات أساسية علمية وأخلاقية فيما يخص بالقيم العلمية والإنسانية واحترام الطلبة ومعاملتهم حسب معايير الكفاية العلمية والمهنية ووضع التعليم العالي في خدمة مجتمعاتها وعدم استغلال الحريات الأكاديمية ونتائج الأبحاث العلمية لأغراض تتعارض مع الغايات التعليمية والعلمية، أو تخل بمبادئ حقوق الإنسان أو تسيء إلى تحقيق الأهداف والقيم الإنسانية.

وفي ضوء ما ذكر سابقا فإن الحريات الأكاديمية حق أساسي لأعضاء هيئة التدريس والطلبة ضمن بيئة مبنية على التسامح وتقبل الآراء المتعارضة وعدم حجبها أو رفضها بشكل تعسفي وتجنب الرقابة والعقاب بسبب تلك الآراء أو وجهات النظر.

وكذلك فأن الحرية الأكاديمية تتضمن أيضا منع التأثير الخارجي السلبي على طرائق وأساليب ومناهج الدراسة والموضوعات والبحوث التي تجري من قبل الطلبة والتدريسيين، وتجنب أية محاولة من شأنها تثبيط عزم منتسبي الجامعة في التعبير عن آرائهم، وكذلك فأن الحرية الأكاديمية تشمل قيادة الجامعات في إدارة الجامعات بصورة مستقلة تتضمن تطوير العملية التعليمية دون تدخل خارجي.

ويتطلب تطبيق الحرية الأكاديمية منع أية جهة مراقبة لتقييم أداء الأستاذ الجامعي عدا الجهات الأكاديمية المتخصصة، فهو مطلب أساسي يوفر لجميع منتسبي التعليم العالي والمؤسسات التربوية الأخرى قيماً ايجابية تعزز انتمائهم إلى المجتمع ألأكاديمي، وبيئة آمنة في عالم متغير من خلال رفع الثقة بالنفس، والثقة بتجارب وخبرات الآخرين الشخصية والاهتمامات لديهم بما يسمح للتعامل بصورة مقبولة مع الحقوق المختلفة للناس وفي الأوقات المتفاوتة، وكذلك فان تطبيقها بصورة موضوعية وناجعة يتطلب الدقة والالتزام بما أقرته الإعلان العالمي لحقوق الإنسان وجميع المؤتمرات واللوائح والتشريعات الدولية للتعامل معها بما يتناسب مع الشرعة الدولية والمحلية لتحقيق أفضل التوازنات بين مصالح منتسبي المجتمع الأكاديمي ومطالب المجتمع المحلي والعالمي.

إن تحقيق الحرية الأكاديمية في أية دولة له تأثير ايجابي باتجاهين:

1- توفير بيئة محفزة للنمو المعرفي والتطبيقي لمخرجات المجتمع الأكاديمي بما يطور ويحقق المنافع التنموية للمجتمع المحلي والعالمي.

2- يضمن ويبرر وجود النظام السياسي الذي يقود هذه الدولة أو تلك، وفي هذا السياق إذا أخذنا بنظر الاعتبار إن الحرية ألأكاديمية تشتمل على حرية التعبير عن الأفكار والآراء فان وجودها وممارستها تقود إلى المسؤولين عن المجتمع الأكاديمي من جهة ومصلحة الدولة نفسها من الجهة الأخرى، فقد كتب الفيلسوف الهولندي( باروخ سبينوزا1632-1677) في كتابه "أطروحة في سياسة اللاهوت"إن النقد العلني للدولة هو لصالح الدولة نفسها لأنها ستضمن انسجام قوانين الدولة مع المصلحة العامة.