وفي هذا الصدد يشير محمد الربيعي (2010) إلى أن تحقيق مبدأ استقلالية الجامعة وضمان الحرية الأكاديمية والانفتاح يعد من الدعامات الأساسية للإصلاح، فتطبيق مفهوم استقلالية الجامعة يعتبر الضمانة الرئيسة لأداء الأستاذ لمهماته الأكاديمية وكذلك للتخلص من قبضة الثقافة البيروقراطية والقناعات الجاهزة، إضافة إلى ذلك فان الاستقلالية تشجع التنوع في المناهج الدراسية بين الجامعات المختلفة وبما يتناسب مع قدرات كل جامعة وإمكانياتها البشرية وحاجة مجتمعها، وبهذا الوصف يكون لقيادات الجامعات حقوقا كاملة في إدارة الجامعات وهذا لايعني فقط رئاسة الجامعة وإنما تشمل الأقسام والكليات. وتضمن ذلك المرونة التنظيمية والهيكلية لمختلف مؤسساتها التي تعد جوهر إدارتها، لذلك يتطلب تحقيق الاستقلالية تحول جذري في مفهوم القيادة والإدارة والتخطيط والعمل بمستوياتها المختلفة. ويمكن عندها مثلا تحقيق الاستقلالية إن تتحرر من بعض القيود التي تمنعها من دخول السوق الوطني والعالمي في البحث على سبيل المثال عن أفضل الأساتذة وجذبهم وذلك بتقديم عروض تتناسب مع خبرتهم ورواتبهم في الدول المتطورة، وبحيث تتمكن أيضا من زيادة راتب الأستاذ الكفء والمنتج والتنافس مع الجامعات الأخرى من اجل تطوير كادرها التدريسي.

غير إن هذه الاستقلالية من الناحية العملية تتعرض إلى الكثير من المخاطر فقد أكدت منظمة (هيومان ووتش:Human Watch) في تقريرها السنوي(2005) حول الحرية الأكاديمية في بعض الجامعات العربية) وجود قمع في جميع جوانب الحياة الجامعية الرئيسة بما فيها حرية التدريس، والبحث الحر والأنشطة الطلابية(، وهي من العوامل التي أدت ولا تزال في هجرة الكفاية والعقول الأكاديمية من الوطن العربي والعديد من الدول الأخرى، حيث يشير(قنوع وآخرون، 2006) إلى الإحصاءات التي أجرتها جامعة الدول العربية ومنظمة العمل العربي ومنظمة اليونسكو، بأن 50% من الأطباء و23%من المهندسين و15% من العلماء يهاجرون إلى أوروبا والولايات المتحدة الأميركية وكندا بشكل خاص ويشكل الأطباء العرب في بريطانيا 34%من مجموع الأطباء العملين فيها وبلغت خسائر الدول العربية المترتبة على هجرة العقول حوالي (200)مليار دولار، حيث تعني ذلك توفير مليارات الدولارات لهذه الدول نتيجة حصولها على خبرات جاهزة لم تنفق عليها أية مبالغ لغرض إعدادهم. فعلى سبيل المثال هاجر ما بين عامي (1991 -1998) ما يقارب (7350) عالما عراقيا في مختلف الاختصاصات نتيجة الأوضاع الاقتصادية والسياسية التي عايشتها العراق آنذاك.

وفي هذا الصدد يشير (سالم محمد عبود، 2008) إلى أن من بين الأسباب التي أدت إلى هجرة العقول العراقية إلى دول العالم تأثر المنافسة العلمية داخل المجتمع الأكاديمي بأمور بعيدة عن العلم، وعدم احترام التخصصات، وتأثير الصراعات السياسية وانعكاسها على العملية التعليمية في الجامعات، كتسنم المناصب من قبل أشخاص لا علاقة لهم بمجالات مسؤولياتهم واختصاصاتهم، وتعرض هيئات التدريس الجامعي للاغتيالات على الهوية من قبل أحزاب وميليشيات مسلحة وعلى نطاق واسع، حيث تم اغتيال ما يزيد عن (200) أستاذ جامعي في العراق للفترة من عام (2003) ولغاية (2006/4) على سبيل المثال، ويسري هذا المثال على العديد من الدول العربية، فمن المعروف احتواء معظم دول العالم على المفكرين والعلماء العرب في مختلف المجالات العلمية ومنها الاختصاصات النادرة أيضا.