والواقعة الثانية من وقائع الملاحقات القضائية للصحفيين، كانت من قبل الدكتور عصام العريان نائب رئيس حزب الحرية والعدالة ، في 24 يونيو 2012، حين تقدم سالف الذكر ببلاغ للنائب العام يحمل رقم 1839 لسنة 2012 ضد كل من رضا إدوار بشخصه وبصفته رئيس مجلس إدارة جريدة "الدستور" ، وإسلام عفيفي بشخصه وبصفته رئيس تحرير جريدة "الدستور" ، يتهمهما فيه بنشر أخبار كاذبة وارتكاب جريمة القذف في حقه، وذلك في العدد الصادر يوم الخميس 21 يونيو 2012 الذي يحمل رقم 1730 من جريدة "الدستور"، وذلك إبّان الفترة التي كان من المقرر أن تجرى فيها المرحلة الثانية من انتخابات رئاسة الجمهورية التي أجريت بين محمد مرسي الرئيس الحالي وأحمد شفيق.

ووثق التقرير صورة أخرى من صور الملاحقات القضائية للصحفيين، جاءت من قبل المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين الدكتور محمد بديع الذي كان قد تقدم ببلاغ ضد عادل حمودة رئيس تحرير جريدة الفجر وخالد حنفي مدير تحرير الجريدة يتهمهما بالسب والقذف.

وهناك واقعة أخرى لم يذكرها التقرير لأنها حدثت بعد أيام من صدوره وبالتحديد يوم الأحد 14 أكتوبر 2012 حيث تعرضت الإعلامية جيهان منصور، مقدمة برنامج "صباحك يا مصر" على قناة دريم، لهجوم من الدكتور عصام العريان القيادي بجماعة الإخوان المسلمين، في مداخلة تليفونية، متهمًا إياها بأنها (تحصل على تمويل مادي للهجوم على جماعة "الإخوان" ) مما جعلها تطالبه على الهواء بالاعتذار عما بدر منه تجاهها من ألفاظ تشكل اتهامًا لها دون أدلة أثناء مداخلته الهاتفية معها في البرنامج، والتي قال خلالها "مش عايز أسألك بتاخدي كام عشان تقولي الكلام ده".

واعتبرت جيهان منصور، في بيان رسمي صدر عنها، اتهام العريان لها بتقاضيها أموالاً كي تهاجمه، خطيرًا جدًا، وطالبته بإظهار ما لديه من مستندات تؤكد اتهاماته الباطلة لها، وقالت إن هجوم الإخوان على الصحفيين يهدف لإرهابهم وتخويفهم من انتقاد مرسي أو جماعته.

تقرير مؤسسة "حرية الرأي والتعبير" ليس هو الوحيد الذي وثق الانتهاكات التي يتعرض لها صحفيو مصر مؤخرًا، حيث صدر أيضًا تقرير آخر للشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان - منظمة مجتمع مدني مصرية- أكد أن "في المائة يوم الأولى لحكم مرسى أصبحت حرية التعبير بكل فروعها في خطر داهم".. وذكر التقرير أمثلة عديدة للمنع والمصادرة، منها مصادرة عدد جريدة "الشعب الجديد" بالكامل يوم 21 أغسطس 2012، بسبب مقال رئيس التحرير "مجدي حسين" الذي جاء بعنوان: "نطالب مدير المخابرات بإعادة النظر في سياسات الجهاز السابقة التي أفسدت الحياة السياسية"، ومصادرة جزئية للعدد رقم 1781 لجريدة الدستور الصادر يوم السبت 11 أغسطس 2012 بعد ساعات قليلة من طباعته بمطابع جريدة "الجمهورية".

كما قامت هيئة الرقابة على المطبوعات بمصر بمنع استيراد كتاب "تاريخ الشرق الأوسط الحديث" للمؤرخين الأمريكيين "ويليام كليفلاند" و"مارتن بنتون"، وذلك دون إبداء أسباب.

كما تم منع برنامج "الضمير" على القناة الثانية بالتلفزيون المصري المحلي الذي كانت تقدمه المذيعة "هالة فهمي"، وذلك على خلفية حلقة تم بثها عبر برنامجها، وتناولت الحلقة "فضح الفساد المالي والإداري المتفشي في جهاز الإعلام الحكومي".

وبحسب التقرير فإنه أثناء حكم مرسي تم منع مقالات وأبواب وصفحات كاملة لاثني عشر صحفيًا.. منهم مبدعون معروفون، مثل: يوسف القعيد وإبراهيم عبد المجيد، ومنهم إخوان سابقون مستقيلون من الجماعة، مثل: ثروت الخرباوى وعبد الجليل الشرنوبى. كما وثق التقرير ما أسماه ملاحقة قانونية لستة من الصحفيين والإعلاميين منهم شركاء نضال مع الإخوان ضد حكم مبارك ومنهم الصحفي عبد الحليم قنديل.

كما تم الاعتداء على الصحفي "خالد صلاح" رئيس تحرير جريدة اليوم السابع في أغسطس 2012، أثناء دخوله مدينة الإنتاج الإعلامي، من قبل بعض المتظاهرين المنتمين والمؤيدين لجماعة الإخوان المسلمين، وهو نفس المكان الذي شهد أيضًا اعتداءً على الإعلامي "يوسف الحسيني" من نفس المجموعة، وحاولوا منعه من الدخول للمدينة. كما تم الاعتداء على مصور صحيفة "الشروق" أثناء تغطيته مظاهرات السفارة الأمريكية من قبل الشرطة.